Historiallisen keskustan rauhallisella mukulakivikadulla piilossa sijaitseva Sinagoga de Tomar on erityinen osa juutalaista historiaa. Vuosina 1430–1460 rakennettu synagoga seisoo ylpeänä Portugalin ainoana täysin ehjänä säilyneenä renessanssia edeltävänä keskiaikaisena juutalaisena temppelinä.

On todella kiehtovaa astua sen neliönmuotoiseen, goottilaistyyliseen saliin, jossa neljä eleganttia keskipylvästä tukee holvikattoa. Suurin osa temppelistä on kunnostettu, mutta joitakin alkuperäisiä osia voi yhä nähdä rakennuksen kulmissa.

Synagogan toiminta päättyi vuonna 1496, kun kuninkaallinen asetus pakotti maan juutalaiset kääntymään kristinuskoon tai lähtemään maasta. Seuraavien neljän vuosisadan ajan rakennus koki monipuolisen, maallisen historian toimiessaan peräkkäin vankilana, kristillisenä kappelina, heinäsuovana ja elintarvikkeiden varastona.

Vuonna 1921 kansalliseksi monumentiksi luokiteltu, kunnostettu tila lahjoitettiin myöhemmin valtiolle, ja siitä tuli museo, jossa on laaja kokoelma keskiaikaisia heprealaisia hautakiviä. Se toimii edelleen koulutuksellisena ja kulttuurisena maamerkkinä ja on edelleen osoitus sinnikkyydestä.