A capela remonta ao século XVI, embora a maior parte da sua estrutura original tenha sido reconstruída após o devastador terramoto de 1755, com mais alterações realizadas durante a sua expansão no início do século XX até 1965.

No entanto, alguns elementos foram preservados, como o arco de pedra no presbitério e o altar-mor dedicado a Nossa Senhora da Encarnação, a padroeira da cidade.

Em 2009, iniciou-se uma reforma transformadora sob a orientação da artista plástica Lídia Rodrigues, convidada pelo então pároco Padre José Nunes. As suas primeiras tarefas consistiram em travar o alastramento do salitre para a capela, castigada pelos rigores do mar, e em recuperar o carácter religioso da igreja através da arte sacra contemporânea.

Depois, avançou com um projeto muito mais ambicioso, desenvolvido em fases ao longo de 11 anos, unindo a beleza da expressão artística ao transcendente e espiritual, culminando em 2020.

Quem o quiser visitar pode agora explorar um espaço meditativo enriquecido por 34 painéis pintados que abarcam toda a história da Salvação - 20 representando os Mistérios do Rosário, sete retratando a Criação e sete reflectindo o Apocalipse - ao lado de uma imagem de Cristo Ressuscitado no centro do altar.

As pinturas verticais, que elevam o olhar e o pensamento do espetador, são divididas pelas frestas rectangulares de vitrais personalizados, concebidos para complementar a narrativa bíblica.

A inauguração deste projeto foi adiada devido à pandemia de covid-19, mas desde então tem atraído fiéis de todo o mundo e continua a cumprir a sua missão de convidar quem por ali passa a um caminho de encontro com Deus.