Il étudia les sciences humaines chez les jésuites et la théologie chez les dominicains. Ordonné prêtre en 1676, il exerça son ministère pendant plusieurs années dans la région de Kanara, au sud de l'Inde.

Après près de dix ans passés à Kanara, il revint à Goa où, en 1686, il fonda un oratoire de saint Philippe Néri avec un groupe d’autres prêtres, bénéficiant des conseils et de l’aide des maisons oratoriennes alors implantées au Portugal. À peine un an plus tard, en 1687, il se sentit appelé à quitter Goa pour partir en mission sur l’île de Ceylan, aujourd’hui le Sri Lanka.

Il resta sur cette île pendant vingt-quatre ans, exerçant son ministère sacerdotal dans des conditions très difficiles. Il fut rigoureusement traqué et persécuté par les autorités calvinistes néerlandaises oppressives, qui voulaient mettre fin à ses efforts, menés seul mais couronnés de succès, pour reconstruire l’Église et maintenir le catholicisme en vie à Ceylan. Il devait se déplacer partout déguisé et était contraint de célébrer les sacrements en secret, la nuit.

Le père Vaz décida de s’installer dans le royaume de Kandy, à l’intérieur de l’île. À son arrivée, il fut arrêté sous l’accusation d’espionnage et emprisonné. Il fut libéré après avoir prié et obtenu ce que tous considérèrent comme une pluie miraculeuse, mettant fin à une sécheresse prolongée. Par la suite, le roi bouddhiste de Kandy lui accorda sa protection personnelle.

En 1696, plusieurs pères de l’Oratoire de Goa le rejoignirent à Ceylan, et une mission dûment constituée y fut établie. Le père Vaz refusa le poste de vicaire apostolique, préférant rester un simple prêtre missionnaire. Parmi ses autres activités pastorales, il traduisit un catéchisme et des prières dans les langues locales, le cingalais et le tamoul. Les gens l’appelaient « Sammanasu Swam » – le prêtre angélique.

Au début de l’année 1711, il savait qu’il allait mourir. Le 16 janvier, il reçut les derniers sacrements, entouré des membres de son troupeau rassemblés autour de son lit. Il leur dit : « Vivez toujours selon l’inspiration de Dieu. » Il mourut à minuit. Il avait soixante ans.

Malheureusement, on ignore où reposent exactement ses restes.

Il a été béatifié au Sri Lanka par le pape Jean-Paul II le 21 juin 1995, puis canonisé dans ce même pays par le pape François le mercredi 14 janvier 2015.

Sa fête est célébrée le 16 janvier.