Le code de déontologie de la profession protège ce droit lorsque l'acte enfreint des principes éthiques, moraux ou religieux, ou lorsque le médecin estime que son jugement professionnel fait l'objet de pressions ; dans de tels cas, il doit fournir une justification écrite à la direction clinique de l'établissement de santé.

Ce point est clairement souligné dans un avis publié par le Collège de médecine générale et de médecine de famille et inclus dans ce même rapport, car l'évaluation de l'aptitude d'une personne à conduire implique l'évaluation des risques pour des tiers dans des situations sociales complexes.

Le refus ou l'imposition de conditions à la délivrance d’un certificat comporte un conflit éthique et professionnel inhérent, car cela pourrait nuire à la relation de confiance de longue date entre le patient et son médecin ; c’est pourquoi l’Ordre des médecins précise que les médecins ne devraient pas être tenus de délivrer de tels certificats sans exception.